南方医科大学预防医学专业学生通过学习基础医学、临床医学和预防医学等核心课程，掌握公共卫生与预防医学的基础知识、基本理论和基本技能，具备从事疾病预防、卫生检验检疫、食品安全、卫生应急、实验室检测、健康促进等领域工作的能力。

为拓宽专业的服务方向，增强毕业生的适应能力，实行“大类招生、中期分流”的培养策略，即本科生按预防医学专业招生，前两年共上基础理论课和专业基础课，大学三年级开始分流为四个专业方向：食品安全与营养、卫生检验检疫、疾病预防控制、卓越创新班。

一、食品安全与营养方向

培养能够从事预防医学，尤其是食品安全方面实际工作和科研工作的高级专业人才，具有从事食品安全监测、卫生监督、疾病预防与控制、健康促进、卫生行政管理工作等方面的能力。

二、卫生检验检疫方向

培养学生具有较强的自然科学基础（特别是数理化基础）；面向疾病控制中心、卫生检验中心、环境卫生监测部门、食品卫生监测机构、食品药品监督管理局、检验检疫机构、质量监督所、医院检验科以及化妆品行业等，具备预防医学基本理论知识和卫生检验技能的卫生检验专门型人才。

三、疾病预防控制方向

培养能够从事公共卫生预防医学实际工作和科研工作的高级卫生人材，掌握公共卫生与预防医学基本技能，具有从事卫生监测、卫生监督、疾病控制、健康促进、卫生行政管理工作的能力。

四、卓越创新班

培养具有高度社会责任感、综合素质高、创新素质突出，具有较熟练的公共卫生实践能力尤其是卫生应急能力以及从事科学研究的能力，并具备较强创新能力及引领潜能的卓越公共卫生领导者和科学家。

四个专业方向各自的人数由当时的就业需求所决定。同时设置四个模块的专业选修课，安排相应的实习基地，学生毕业时在统一颁发“预防医学专业”毕业证和学位证的基础上，由学校颁发特色班学习证明。