1951年，经中央军委批准，东北军区在驻黑龙江省齐齐哈尔市的第二陆军医院（南方医院前身）基础上组建东北军区军医学校。1969年学校迁往湖南长沙，1970年再迁广州石牌，1978年定址广州麒麟岗，隶属关系在军队和地方六度变更，1975年更名为中国人民解放军第一军医大学，1979年被确定为全国重点大学，2004年整体移交广东省，更名为南方医科大学。
70多年来，学校抢抓机遇、加快发展，成为广东省高水平大学重点建设高校，全国首批、广东省唯一一所“部委省”共建高校。现有14个学科进入ESI世界排名前1%，其中临床医学、药理学与毒理学进入ESI全球1‰，临床医学进入ESI全球前0.5‰。拥有国家重点实验室、国家临床医学研究中心、国家区域医疗中心等国家级平台及南方医院、珠江医院等15所高水平直属附属医院，获国家科技三大奖30项、国家教学成果奖12项，综合实力位居全国医科大学前列，为我国高等教育和医疗卫生事业发展作出了南医贡献。
