近五年来，学校抓住“部委省”共建高校、广东省高水平大学建设等重大外部发展机遇，全面统筹、主动协同内外部优势资源，以“系统设计、问题导向、重点突破、持续改进”为工作重点，以“调结构、扩规模、提质量”为建设目标，坚持内涵发展，全面深化研究生教育综合改革，加强研究生培养过程管理，研究生教育质量稳步提高。
2018年1月19日，学校召开首届学位与研究生教育大会
完善人才培养体系创新招生选拔机制
学校副校长、研究生院院长刘叔文指出，学校以优化学科布局为导向，完善人才培养体系。2015年以来，学校动态调整增列了口腔医学博士学位授权一级学科，博士学位授权一级学科达到了10个；新增了3个硕士学位授权一级学科，硕士学位授权一级学科达到了16个；新增4个硕士专业学位授权点，硕士专业学位授权点达到了10个。“以医为主，多学科协调发展”的学位授权体系更加成熟，学科结构进一步优化，研究生培养体系更趋完善。
学校以提高生源质量为目标，创新招生选拔机制。自2016年起，逐步推行了“申请-考核”制博士招生方式，2019年起动了直博生招考方式；以国家统考和推荐免试为基础，实施了“科研启蒙计划”、“基础临床培养计划”和“国际化培养计划”等专项硕士招生制度，生源质量明显提高。
推进研究生培养模式和课程教学改革
学校以分类培养为宗旨，深化研究生培养模式改革。坚持学术学位与专业学位协调发展，加快发展专业学位研究生教育，建立以提高创新能力为目标的学术学位研究生培养模式；以职业需求为导向，以实践能力培养为重点，以医教协调为手段，建立以职业胜任力为目标的专业学位研究生培养模式；深入推进医教协同培养模式，临床医学与临床口腔医学专业学位全面实施专业学位教育与住院医师规范化相结合的“5+3”培养模式；开展与用人单位联合培养专业学位研究生合作项目，与深圳市、中山市、佛山市及企业建立联合培养基地，开展订单式人才培养项目；2018年起，临床医学专业学位博士实施专业学位教育与专科医师规范化培训相结合的“5+3+X”培养模式，目前已有130余名博士纳入培养体系。
学校以课程整合为重点，推进研究生课程教学改革。根据不同类型研究生培养目标和要求，分别建立了学术学位和专业学位研究生课程体系；实施研究生课程教学改革项目，新增各类研究生课程100余门，实现了线上教学与线下面授相结合的研究生教学方式，构建了具有科学性、合理性和前沿性的学术学位研究生课程体系，建成了《医学信息检索与利用》等11门广东省研究生示范课程。
加强导师队伍建设和培养质量监控
学校以坚持立德树人为根本，加强导师队伍建设。导师新增工作从2017年起改为每一年一次，导师认定工作每四年一次，以新导师遴选条件作为认定标准，认定不通过者直接取消导师资格，并暂停一年申请新增同类型导师资格。建立导师分类遴选机制，学术型导师遴选以科研能力为重点，专业型导师遴选以职业教学能力为重点；改革导师评定机制，强化与招生培养紧密衔接的岗位意识；改革招生资源配置方式，综合考虑学科特点、师德表现、学术水平、科研任务和研究生培养质量，确定导师的招生资格；实施了导师培训制度，2018年起对现有的1500余名导师全部进行了轮训，实现了“岗前必训、在岗轮训”的目标；开展年度“感动南医—立德树人好导师”评选活动，树立导师立德树人好榜样，强化导师立德树人意识。
举办研究生导师培训会并颁发培训结业证书
学校以过程管理为抓手，加强培养质量监控。建立了由校学位评定委员会、校学术道德委员会、研究生院、各学位评定分委员会等机构共同管理的研究生培养质量保障体系；加强了研究生学术道德和学风建设，制定了《南方医科大学学位论文作假行为处理办法实施细则》；建立了研究生学位论文双盲评议制度，推行学位论文的抽检和相似性检测制度，实行学位论文预答辩制度，实施了研究生原始试验记录本抽检和研究生论文答辩巡检制度。目前我校博士论文、同等学力硕士论文的盲审已实现全覆盖。
提升研究生国际化教育水平，提高培养规模和质量
学校以交流合作为载体，提升研究生国际化教育水平。启动实施了“研究生国际化教育专项”3年行动计划，每年资助500万元，遴选优秀研究生出国访学、参加国际学术会议，研究生国际化教育规模成倍增长。2019年，共有200余名研究生通过不同途径出国留学或访学，其中118名研究生获学校“研究生国际化教育专项”资助，18名研究生获“国家留学基金委公派出国留学项目”资助，4名研究生获广州市“菁英计划”项目资助，出国留学或访学人数为历年之最。
近年来，我校研究生培养规模和质量不断提高。博士生年度招生规模比2015年增长50.5%，硕士生年度招生规模比2015年增长82.9%。2015年以来，1名研究生获资助赴德国林岛参加诺贝尔奖获得者大会，与诺奖得主进行面对面的交流，是广东省唯一的医学类研究生；43名研究生获评广东省优秀学生（研究生阶段）；研究生在全国医科院校研究生院联盟临床能力竞赛中眼科学类特等奖和医学影像类全国第3名。
我校获2019年度全国医科院校研究生临床能力（眼科学）竞赛特等奖
