●  1987 年    

　　3月10日，总政治部下达《一九八七年攻读博士学位研究生招生计划》的通知，第一军医大学计划招生数为2名。

　　学校为柬埔寨培训军医，开启我校的来华留学教育工作。

●  1989 年    

　　11月7日至11月9日，学校召开第三次党员代表大会。

　　学校在“全国首次评选优秀教学成果奖”活动中，共获评12项优秀教学成果，其中《解剖学课程建设》荣获国家级教学成果优秀奖，《自我发展自我完善办学模式》被评为全军优秀教学成果一等奖，系学校首获国家级教学、科研奖。

●  1991 年    

　　4月20日，学校常委会讨论，确定了学校的教学指导思想和校训。

　　教学指导思想：以党的教育方针、军委的办校方针和总部的办学思想为指导，以教学为中心，育人为根本，严谨治校、严谨治学，实行“一体两环”办校模式，培养德智体全面发展、为国防卫生事业服务的合格人才。

　　校训：团结、求实、开拓、奉献。

●  1992 年    

   10月26日，南方科研药厂正式建成投产。

　　11月4日，“广州军区卫生学校并入第一军医大学交接大会”在卫校举行。

●  1993 年    

  9月5日，学校《“一体两环”新型办校模式》获“国家级教学成果一等奖”。

●  1995 年    

   3月14日，中央军委主席江泽民签署命令，授予第一附属医院惠侨科“模范医疗惠侨科”荣誉称号。

   12月30日，国家“八五”重点科技攻关项目——我校李树祥教授主持研制的 “X刀”顺利进入临床试用。

●  1996 年    

　　骆抗先教授牵头项目“乙型肝炎病毒变异与肝炎发病机制的关系”，首次实现我校独立承担国家自然科学基金重点项目零的突破。

●  1997 年    

　　11月28日，钟世镇教授当选为“中国工程院院士 ”，实现了学校院士零的突破。

钟世镇

●  1998 年    

　　5月8日，全军首例试管婴儿在一附院妇产科诞生。

　　9月1日，学校接收与广州中医药大学联合培养的第一批中医药大学中西医结合专业七年制学员28名。

　　8月21日，中国科学院院士姚开泰加入我校。

姚开泰院士

●  1999 年    

　　5月6日，学校首个博士后科研流动站——基础医学博士后科研流动站挂牌。

　　7月14日，举行中国人民解放军广州医学高等专科学校并入学校的交接签约仪式和交接大会。

　　成立第一军医大学外训系，专职负责承担国家援外医疗培训任务。

●  2000 年    

　　首次承担国家“973”课题和“863”重点攻关项目。

●  2001 年    

   8月，启用学校自行设计、中央工艺 美术学院修改完成的新校徽。

   10月23日至24日，第一军医大学第五次党员代表大会举行。

●  2002 年    

　　2月，学校人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）被评为“国家重点学科”。

　　7月3日，召开总后勤部授予杨丽同志“模范护士长”荣誉称号命名大会。

　　11月29日，学校第一临床医学院在南方医院挂牌成立。

●  2003 年    

   2月11日，学校召开“非典防治工作紧急会议”，成立了 “非典防治工作领导小组”。

   4月，SARS病原体明确后，学校作为组长和副组长成员单位，参加了广东省5个SARS攻关项目组的科技攻关研究，获国家自然科学基金2项，军队指令性课题5项，“973”非典专项3项。

　　5月，珠江医院继成功研制“冠状病毒抗体快速诊断试剂盒”后，又首次成功研制出“SARS冠状病毒单克隆抗体”。

　　5月5日，学校举行赴京抗击非典医疗队誓师暨欢送大会。

　　6月23日，学校举行欢迎仪式热烈欢迎赴京医疗队首批凯旋的26名医疗队员。30日，第二批凯旋的40名医疗队员返校。

　　8月22日，教学东区撤销，1100余名学生搬迁回校本部。

　　11月1日至11月4日，全军第十五次院校会议在京召开，决定第一军医大学整体移交地方。

●  2004 年    

　　8月24日，举行第一军医大学移交广东省暨南方医科大学揭牌庆典仪式，整体移交广东省，校名更名为“南方医科大学”。

　　新増临床医学8年制、中医学（中西医结合）、卫生监督与管理（法学）、公共事业管理（卫生事业管理）、应用心理学（医学心理学）等5个专业，成为当时全国唯一一所招收八年制临床医学专业的独立医科大学，卫生法学专业为广东省内首次开设。

●  2005 年    

　　6月，学校首次以“南方医科大学”的名义，面向全国22个省、区、市招生，共录取3009人，招生规模比以往扩大两倍。研究生招生首次突破1000人。

　　成立13个二级学院、2个临床医学院和体育部，设立8个教辅机构、18个科研机构。

●  2006 年    

　　1月，南方医院侯凡凡教授的研究论文发表在《新英格兰医学》，是当时该杂志刊发的第一作者及通讯作者均为中国大陆学者，而且完成单位也是中国大陆医学单位的第一篇原创性研究论文。

　　6月，首次面向国内和澳门地区招收保送生。招收第一批中国政府奖学金来华留学生，成为广东省第5所来华留学生政府奖学金院校。

　　10月25日，学校新建的中西医结合医院门诊部隆重开业。

中西医结合医院

　　12月1日，召开“学校第一次学生代表大会”，成立校级学生会。

　　南方医院研制的“全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂（二代超声造影剂）”通过国家新药评审，实现学校一类新药研究零的突破。

●  2007 年    

　　4月23日，广州邮电医院整体移交南方医科大学，更名为“南方医科大学华瑞医院”，广东省副省长雷于蓝为医院揭牌。

　　10月，数字化诊断治疗设备研究中心成为学校首个教育部工程研究中心。

　　12月9日至12月14日，教育部专家组对学校进行本科教学工作水平评估。

　　12月27日，公共卫生与热带医学学院的“应急型公共卫生创新人才培养实验区”获教育部、财政部批准成为首批国家人才培养模式创新实验区。

　　在首次评选的“中国百篇最具影响优秀学术论文”中，我校3篇论文入选，南方医院侯凡凡教授论文获“中国百篇最具影响优秀国际学术论文”，基础医学院申洪教授和南方医院金大地教授的论文获“中国百篇最具影响优秀国内学术论文”。

   姜勇教授领衔的团队获得“教育部创新团队”项目资助，是学校获教育部批准的首个创新团队。

●  2008 年    

　　1月8日，学校生物医学工程学院陈武凡教授等完成的《基于模糊随机建模的医学成像与图像分析新技术研究》项目获得“国家技术发明二等奖”，实现了学校“国家技术发明二等奖”零的突破。

　　5月12日，汶川大地震。学校迅速派出“抗震救灾医疗队”3批次共27人，出色完成了医疗救援任务。南方医院被授予“全国抗震救灾英雄集体” “全国抗震救灾医药卫生先进集体”等称号，珠江医院徐如祥获“全国抗震救灾医药卫生先进个人”称号。

抗震救灾医疗队

　　7月，学校举行马克思主义学院成立暨揭牌仪式，这是广东省第一个马克思主义学院；10月30日至10月31日，学校接受省高校思政理论课建设评估专家组评估，专家组对学校思政理论课建设工作取得的成绩和特色给予充分肯定。

   9月22日至9月23日，学校召开第六次党员代表大会。

   9月27日，顺德校区正式启用， 5172名大一、大二学生在顺德校区开始大学生活。

  10月，学校赵克森教授、丁彦青教授带队的“基础医学专业教学团队”被评为“国家级教学团队”。这是学校首个获得立项建设的国家级教学团队。赵克森教授还被评为“教育部第四届高等学校教学名师”。

   首次获得教育部推荐免试研究生资格。

　　医学基础实验教学中心被评为“国家级实验教学示范中心建设单位”，实现学校国家级实验教学示范中心零的突破。

　　学校成为全国十个教育援外基地之一，并获颁“中华人民共和国教育部教育援外基地”牌匾，是广东省唯一的国家级教育援外基地。

　　首次申报省“211”工程重点建设项目。申报的6个项目中有5个被批准为广东省“211”工程三期重点学科建设项目，通过项目数排全省第二。

　　陈武凡教授与宁波鑫高益公司签定了专利独占实施协议，这是学校发明专利的首次使用权转让。

　　南方医院研制的国家一类新药“第二代超声造影剂一一全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂”，以2518万元的价格转让给福满药业，创学校科技成果转让金额最高纪录。

　　图书馆科技查新工作站被认定为“教育部科技查新工作站”，成为国内首批获教育部认证的医学类部级查新工作站。